怀孕40天时出现褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：在怀孕早期，褐色分泌物可能是先兆流产的迹象。这可能与胚胎染色体异常、母体激素分泌不足、子宫畸形等因素有关。孕妇可能还会伴有阵发性下腹痛或腰背痛，需要及时就医，医生一般会建议进行保胎治疗，常用的保胎药物有黄体酮胶囊、地屈孕酮片等。
2.异位妊娠：受精卵着床在子宫以外的部位，称为异位妊娠。其中，以输卵管妊娠最为常见。宫外孕时，胚胎发育不良，常会导致阴道不规则流血，色黯褐，量少，一般不超过月经量。还可能伴有下腹疼痛，程度因个体情况而异。一旦确诊为异位妊娠，应立即住院治疗，根据病情选择保守治疗或手术治疗。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性滋养细胞疾病，停经后阴道流血是典型的临床表现，多发生于停经后8-12周。出血量多少不定，若阴道排出水泡样组织，应及时就医。治疗方法主要为清宫术，术后需要定期复查血HCG直至正常。
4.宫颈息肉：宫颈息肉是慢性宫颈炎的一种表现，也可能导致阴道少量出血，色鲜红，或白带中夹有血丝。妇科检查可发现宫颈息肉，通常需要手术摘除。
5.其他：阴道炎、宫颈炎、子宫内膜息肉等也可能引起怀孕40天有褐色分泌物。
总之，怀孕40天出现褐色分泌物需要引起重视，建议及时就医，进行相关检查，如血HCG、孕酮、B超等，以明确原因，并在医生的指导下进行相应的治疗。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和性生活，保持心情舒畅。