上完厕所肛门疼可能由以下原因引起：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，常发生在肛门后位，主要症状为肛门疼痛、便血和便秘。可使用硝酸甘油软膏、利多卡因凝胶等药物缓解疼痛，同时保持肛门清洁，促进裂口愈合。
2.痔疮：内痔或混合痔脱出、嵌顿，可引起肛门括约肌痉挛，导致疼痛。可使用痔疮膏、痔疮栓等药物治疗，严重时需手术治疗。
3.肛周脓肿：肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，主要症状为肛周持续性剧烈疼痛，还可能伴有发热、乏力等全身症状。需切开引流，使用抗生素控制感染。
4.肛管或直肠损伤：肛门受外力撞击、肛裂或内痔嵌顿等，可导致肛管或直肠损伤，引起疼痛。需根据损伤程度进行相应的治疗。
5.肛窦炎：肛窦炎是指肛窦部的炎症，常并发肛乳头炎，是肛门感染的常见疾病。主要症状为肛门部不适和隐痛，排便时加重。可使用抗生素、坐浴等方法治疗。
6.其他：肛门直肠神经官能症、肛管直肠癌等也可能导致肛门疼痛。
如果上完厕所后肛门疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如发热、便血、肿物脱出等，建议及时就医，明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意保持肛门清洁，避免久坐、久站，多吃蔬菜水果，保持大便通畅。