上完厕所肛门疼，可能与肛裂、痔疮、肛周脓肿等有关，具体原因及治疗方法如下：
1.肛裂：
病因：肛裂是肛管皮肤全层纵行裂开后形成的感染性溃疡，多由便秘、肛管狭窄等引起。
病因导致症状的原理：肛管狭窄导致排便时肛管皮肤被撕裂，形成肛裂，排便时粪便刺激肛裂创面，引起肛门疼痛。
治疗方法：急性肛裂以保守治疗为主，保持排便通畅，局部使用止痛栓剂。慢性肛裂常需手术治疗，切除肛裂及周围病变组织。
2.痔疮：
病因：痔疮是肛垫的支持结构、血管丛及动静脉吻合支发生病理性改变或移位。内痔和混合痔可引起肛门疼痛。
病因导致症状的原理：内痔或混合痔脱出嵌顿，可导致局部血液循环障碍，进而引起疼痛。
治疗方法：无症状的痔无需治疗，有症状的痔可采取保守治疗或手术治疗。保守治疗包括调整饮食、坐浴、栓剂等。手术治疗包括痔切除术、吻合器痔上黏膜环切钉合术等。
3.肛周脓肿：
病因：肛周脓肿是肛管直肠周围间隙发生的急慢性感染性疾病，主要由肛腺感染引起。
病因导致症状的原理：肛腺感染后可形成肛周脓肿，脓肿破溃后可形成肛瘘，引起肛门疼痛。
治疗方法：肛周脓肿一旦确诊，应及时切开引流。术后需定期换药，直至创面愈合。
总之，上完厕所肛门疼可能是多种疾病的症状，需要及时就医，明确诊断后进行相应的治疗。同时，保持良好的生活习惯，如保持大便通畅、避免久坐等，有助于预防肛门疾病的发生。