上完厕所肛门疼可能由以下原因引起：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开后形成的感染性溃疡，典型表现为肛门疼痛、便血和便秘。肛门视诊可发现肛裂“三联征”，即肛裂、前哨痔和肛乳头肥大。
2.外痔：肛缘皮肤皱襞突起，如水泡样，颜色青紫，便后可因肛门括约肌收缩而引起剧痛。
3.内痔或混合痔脱出：内痔或混合痔发展到一定程度即能脱出肛门外，内痔或混合痔脱出、嵌顿，出现水肿、感染、坏死时，也会导致肛门疼痛。
4.肛门脓肿或肛瘘：肛门周围脓肿、肛瘘也是造成肛门疼痛的重要原因之一。
5.肛管直肠恶性肿瘤：肛管直肠恶性肿瘤溃烂感染，或肛管皮肤擦伤、直肠炎等也会导致肛门疼痛。
如果上完厕所肛门疼的症状持续不缓解或伴有其他症状，如便血、肿物脱出等，建议及时就医，明确诊断后进行相应的治疗。同时，保持肛门局部清洁，避免食用辛辣刺激性食物，养成良好的排便习惯，有助于缓解症状。