口腔溃疡的治疗药物有多种，其中局部用药较为常用。一般来说，局部使用含漱液、含片等能较快缓解症状，比如氯己定含漱液，它可以杀菌消炎，通常每天含漱2 - 3次。
局部外用药物
含漱液类： 除了氯己定含漱液，还有康复新液也可用于口腔溃疡。康复新液能促进创面愈合，用它含漱后，可在溃疡面形成保护膜，减轻疼痛。含片类： 西地碘含片也是常用的，它能持续释放碘分子，起到杀菌抗炎的作用，含服时慢慢含化，让药物充分接触溃疡部位。
促进愈合类药物
凝胶类： 重组人表皮生长因子凝胶就是不错的选择，它可以促进口腔黏膜上皮细胞的增殖、迁移，加速溃疡愈合。涂抹在溃疡表面时，要注意清洁口腔后再使用。贴膜类： 醋酸地塞米松粘贴片属于激素类贴膜，能起到抗炎、抗过敏的作用，贴在溃疡处可以缓解疼痛并促进愈合，但不宜长期大量使用。
缓解疼痛类药物
局部止痛剂： 苯佐卡因凝胶有较好的止痛效果，它能暂时麻痹神经末梢，减轻口腔溃疡带来的疼痛。不过使用时要注意，不要频繁过量使用。中药类止痛含片： 如西瓜霜含片，它具有清热解毒、消肿止痛的功效，含服后能缓解口腔溃疡引起的疼痛，而且相对比较温和。