孕早期上厕所有褐色分泌物流出可能是以下原因：
1.先兆流产：在孕早期，褐色分泌物可能是先兆流产的迹象。这可能是由于胚胎染色体异常、母体激素分泌不足、子宫畸形等原因引起的。孕妇可能还会伴有腹痛、阴道流血等症状。如果出现这些症状，应及时就医，医生可能会建议卧床休息、使用黄体酮等孕激素保胎治疗。
2.异位妊娠：受精卵在子宫以外的部位着床发育，称为异位妊娠，也称宫外孕。宫外孕时，胚胎发育到一定阶段会导致输卵管破裂，引起大出血，危及孕妇生命。宫外孕也可能导致孕早期阴道出血，颜色可为褐色。B超检查可协助诊断。
3.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜增生形成的赘生物，质地脆弱，血管丰富，同房或妇科检查后可能会引起少量出血，表现为褐色分泌物。
4.其他：阴道炎、宫颈炎、胎盘前置、胎盘早剥等也可能导致孕早期阴道出血。
如果出现孕早期上厕所有褐色分泌物流出的情况，建议及时就医，进行相关检查，如B超、孕酮、人绒毛膜促性腺激素等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持心情愉悦。如果褐色分泌物持续增多或伴有其他不适症状，应及时复诊。