怀孕初期上厕所有褐色分泌物可能是以下原因导致的：
1.先兆流产：怀孕初期，胚胎着床不稳定，过度劳累、性生活、孕酮值低等因素可能导致先兆流产，出现阴道少量流血，血液在阴道内停留时间较长时，可呈现褐色分泌物。此时需及时就医，医生一般会建议进行保胎治疗，常用的保胎药物有黄体酮胶囊、地屈孕酮片等。
2.宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床称为宫外孕，以输卵管妊娠最常见。宫外孕时，胚胎发育不良，随着孕囊的生长，会导致输卵管破裂，引起阴道出血，血液颜色也可为褐色。此外，宫外孕还可能伴有腹痛、恶心、呕吐等症状。一旦确诊宫外孕，应立即住院治疗，根据病情选择保守治疗或手术治疗。
3.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜增生形成的赘生物，质地脆弱，触碰后容易出血，表现为性生活后或妇科检查后阴道出血，也可能为褐色分泌物。较小的宫颈息肉一般不需要治疗，但需定期复查。如果息肉较大，或经常出现阴道出血，应考虑手术切除。
4.其他：葡萄胎、胎停育等也可能导致怀孕初期阴道有褐色分泌物。
如果怀孕初期上厕所有褐色分泌物，建议及时就医，进行相关检查，如血HCG、孕酮、B超等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和性生活，保持心情愉快，遵医嘱进行保胎治疗。如果褐色分泌物持续时间较长或量较多，或伴有腹痛等其他不适症状，应及时就医。