毛发红糠疹的病因目前尚未完全明确，可能与遗传因素有关，有研究显示约半数患者有家族史。另外，维生素缺乏也可能是诱因之一，比如维生素A缺乏可能会在一定程度上增加患毛发红糠疹的风险。还有可能与免疫系统异常相关，当免疫系统出现紊乱时，可能会攻击皮肤相关细胞，从而引发毛发红糠疹。
遗传因素相关
遗传倾向：毛发红糠疹具有一定的遗传易感性，如果家族中有亲属患有毛发红糠疹，那么其他家族成员患病的风险相对会增高。研究发现，约50%的毛发红糠疹患者存在家族遗传背景。基因关联：目前虽然具体的致病基因还在进一步研究中，但已经发现某些基因的突变可能与毛发红糠疹的发生有关联，不过这部分具体机制还需更深入的探索。
维生素缺乏方面
维生素A缺乏：维生素A对于维持皮肤的正常结构和功能很重要。当人体缺乏维生素A时，皮肤的角化过程可能会出现异常，这可能是导致毛发红糠疹的一个因素。正常人体每天对维生素A的需求有一定范围，缺乏维生素A可能使皮肤变得干燥、粗糙，进而增加毛发红糠疹的发病几率。其他维生素影响：除了维生素A，其他维生素如维生素B族等的缺乏也可能间接影响皮肤的健康状态，虽然具体机制不如维生素A那么明确，但也被认为与毛发红糠疹的发生存在一定联系。
免疫系统异常因素
免疫系统紊乱：当免疫系统出现异常时，可能会错误地攻击皮肤的角质形成细胞等，导致皮肤的正常代谢和结构受到影响。例如，T淋巴细胞等免疫细胞的功能失调，可能会引发炎症反应，进而促使毛发红糠疹的发生。免疫相关疾病关联：部分患有自身免疫性疾病的患者，发生毛发红糠疹的概率可能会有所增加，这也从侧面反映了免疫系统异常与毛发红糠疹之间存在一定的关联，但具体的因果关系还需要更多的研究来证实。