口腔溃疡的发病原因较多，比如有超过20%的人会因遗传因素发病。
一、免疫因素相关
自身免疫反应：当人体免疫系统出现紊乱时，就可能引发口腔溃疡。比如一些自身免疫性疾病患者，发生口腔溃疡的概率相对较高。当免疫系统错误地攻击口腔黏膜细胞时，就容易导致黏膜破损，形成溃疡。免疫功能低下：当人体免疫功能低下时，比如长期劳累、睡眠不足、患有某些慢性疾病等情况，身体抵御病原体的能力下降，就更容易受到病毒等的侵袭，从而引发口腔溃疡。像感冒发热后，很多人会出现口腔溃疡，就是因为此时免疫功能暂时低下。
二、营养缺乏相关
维生素缺乏：尤其是维生素B族（如B2、B6等）、维生素C缺乏时，容易引发口腔溃疡。比如长期挑食、节食的人，很容易出现维生素摄入不足的情况。有研究发现，缺乏维生素B2会影响黏膜的正常代谢，导致口腔黏膜容易受损，进而引发溃疡；缺乏维生素C会使人体的抵抗力下降，也容易诱发口腔溃疡。微量元素缺乏：像锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡有关。锌参与人体很多重要的生理过程，缺乏锌会影响伤口愈合等，当锌缺乏时就可能导致口腔溃疡不易愈合；铁是人体合成血红蛋白等的重要原料，铁缺乏会影响身体的正常生理功能，也可能引发口腔溃疡。
三、局部刺激相关
创伤性刺激：牙齿咬伤、刷牙时用力过猛损伤口腔黏膜、不合适的假牙长期摩擦口腔黏膜等，都可能引起口腔溃疡。比如牙齿有锐利的边缘，经常摩擦口腔内侧黏膜，就会反复刺激形成溃疡；不合适的假牙与口腔黏膜贴合不好，长时间摩擦也会导致局部出现溃疡。食物刺激：经常吃辛辣、过烫的食物，会对口腔黏膜造成刺激，容易引发口腔溃疡。比如吃了很辣的火锅后，口腔黏膜受到刺激，就可能出现红肿、溃疡的情况；喝了过烫的汤，烫伤口腔黏膜，也会引发溃疡。