口腔溃疡的病因有多种，其中约80%的复发性口腔溃疡与遗传因素有关，若父母双方都有复发性口腔溃疡，子女患病几率能达到50%~60%。
局部创伤因素
口腔内机械性损伤： 比如刷牙时用力过猛，不小心划伤口腔黏膜；或者吃了比较硬的食物，像脆骨、硬饼干等，刮伤了口腔黏膜，就容易引发口腔溃疡。牙齿残根残冠刺激： 口腔里有尖锐的牙齿残根或者不合适的牙冠，长期摩擦口腔黏膜，也会导致口腔溃疡的发生，这种情况在老年人中相对常见。
免疫系统异常
自身免疫反应过强： 当人体免疫系统出现紊乱时，会错误地攻击自身的口腔黏膜组织，从而引发口腔溃疡。例如，患有白塞病的患者，除了口腔溃疡，还可能出现眼部、生殖器等部位的病变，这就是免疫系统异常导致的多部位受损。免疫力低下： 当人体免疫力低下时，比如长期熬夜、过度劳累、患有慢性疾病等情况，就容易受到病原体的侵袭，进而引发口腔溃疡。像一些长期卧床的重症患者，由于身体抵抗力差，口腔溃疡的发生率就比较高。
营养缺乏因素
维生素缺乏： 尤其是维生素B族（如B1、B2、B6、B12等）和维生素C缺乏时，容易引起口腔溃疡。比如长期挑食、偏食的人，很容易出现维生素摄入不足的情况。以维生素B2为例，它参与体内生物氧化与能量代谢，如果缺乏就会影响黏膜的正常代谢。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡有关。锌参与人体多种酶的合成和代谢，缺铁会影响血红蛋白的合成，进而影响细胞的正常功能，导致口腔溃疡的发生。例如，一些素食者由于植物性食物中锌的吸收率较低，就容易出现锌缺乏的情况，增加口腔溃疡的发病风险。