美尼尔病的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与多种因素有关。目前普遍认为内耳膜迷路积水是美尼尔病的主要病理基础，而导致膜迷路积水的因素有多种。
内淋巴产生和吸收失衡相关因素
内耳血液循环障碍： 当内耳血管发生痉挛、栓塞等情况时，会影响内淋巴的正常产生和吸收。比如，一些患有高血压、动脉硬化的患者，其内耳血管发生病变的概率相对较高，就可能增加美尼尔病的发病风险。据统计，有基础心血管疾病的人群中美尼尔病的发生率比健康人群要高一些。免疫反应异常： 人体的免疫系统如果出现异常，也可能引发美尼尔病。例如，自身免疫反应可能攻击内耳组织，导致内淋巴的平衡被打破。有研究发现，部分美尼尔病患者体内存在免疫相关的异常指标，如免疫球蛋白异常等情况。
解剖结构异常因素
内淋巴管机械阻塞： 内淋巴管如果发生狭窄、堵塞等机械性问题，会影响内淋巴的引流。比如先天性的内淋巴管发育异常，或者后天因为炎症等原因导致内淋巴管粘连、堵塞，都可能使内淋巴在膜迷路内积聚，从而引发美尼尔病。膜迷路发育不良： 胚胎发育时期膜迷路发育出现问题，也可能是美尼尔病的发病原因之一。一些胎儿在发育过程中膜迷路结构形成不完善，出生后就更容易出现内淋巴的平衡失调，进而患上美尼尔病。
其他可能因素
病毒感染： 某些病毒感染可能会侵袭内耳，引发内耳的炎症反应，影响内耳的正常功能。例如，腮腺炎病毒、麻疹病毒等感染后，有一定概率引发美尼尔病相关的内耳病变。有临床病例报道显示，在美尼尔病患者发病前有病毒感染病史的情况并不少见。遗传因素： 遗传因素在美尼尔病的发病中也起到一定作用。研究发现，部分美尼尔病患者存在家族遗传倾向，如果家族中有亲属患有美尼尔病，那么其他家庭成员患病的风险相对会增加。不过具体的遗传方式还在进一步的研究中。