嘴里长口疮的原因有多种。一般来说，约20% - 30%的口疮与免疫系统异常有关，比如自身免疫性疾病可能引发口疮反复发作。
局部创伤因素
口腔咬伤： 比如吃饭时不小心咬到口腔黏膜，就容易形成口疮。如果咬的力度不大，一般1 - 2周能自愈，但如果伤口较深，愈合时间可能会延长。假牙刺激： 不合适的假牙长时间摩擦口腔黏膜，也会导致口疮。比如假牙边缘太锐利，持续刺激口腔组织，就会不断诱发口疮。
营养缺乏因素
维生素缺乏： 缺乏维生素B₂、维生素B₁₂等都可能引起口疮。像长期偏食、挑食的人，很容易出现维生素摄入不足的情况，进而增加长口疮的几率。一般来说，成年人每天需要摄入维生素B₂约1.2 - 1.5毫克，维生素B₁₂约2.4微克，缺乏时就易长口疮。微量元素缺乏： 缺锌也可能导致口疮频发。锌在人体的生长发育、免疫等方面都有重要作用，当体内锌含量偏低时，口腔黏膜的修复能力会下降，从而容易长口疮。
感染因素
病毒感染： 单纯疱疹病毒感染是引发口疮的常见原因之一。当人体免疫力下降时，潜伏在体内的单纯疱疹病毒就会活跃起来，导致口腔出现疱疹，破裂后形成口疮。比如感冒发烧后，有些人就容易长口疮，这往往与病毒感染有关。真菌感染： 白色念珠菌感染也会引起口疮，尤其常见于婴幼儿、老年人或者长期使用抗生素的人群。婴幼儿口腔环境温暖潮湿，容易滋生白色念珠菌；老年人身体抵抗力弱，长期使用抗生素会破坏口腔正常菌群平衡，都易受白色念珠菌感染而长口疮。