毛囊炎的治疗药物需根据病情来选，一般细菌感染引起的毛囊炎，常用抗生素类药物。比如外用的莫匹罗星软膏，它能抑制细菌生长，帮助减轻毛囊炎的炎症等症状；内服的有头孢类抗生素，像头孢拉定等，可用于较严重的细菌感染导致的毛囊炎。
外用药物选择
莫匹罗星软膏： 这是常见的外用抗生素软膏，适用于局部毛囊细菌感染引发的毛囊炎。它能针对引起毛囊炎的葡萄球菌等有抑制作用，直接涂抹在患处，能减轻红肿、疼痛等症状。夫西地酸乳膏： 也是外用的抗生素药膏，对引起毛囊炎的常见细菌有效，可涂抹在毛囊炎的皮损部位，帮助消炎杀菌，促进炎症消退。
内服药物情况
头孢类抗生素： 当毛囊炎比较严重，或者外用药物效果不佳时，可能会用到内服的头孢类抗生素。比如头孢氨苄，它属于第一代头孢菌素，能对抗多种引起皮肤感染的细菌，不过使用前需要确定没有头孢类药物过敏史。青霉素类药物： 若患者对头孢类药物过敏，且适合用青霉素类，像阿莫西林等也可能会被用于治疗毛囊炎。但使用青霉素类药物前必须做青霉素皮试，阴性才能使用。
特殊情况用药
真菌感染引起的毛囊炎： 如果是真菌感染导致的毛囊炎，就要用抗真菌药物。外用的有酮康唑乳膏，它能抑制真菌的生长繁殖；内服的有伊曲康唑胶囊，不过伊曲康唑对肝脏有一定影响，使用时需要监测肝功能，而且孕妇禁用。儿童毛囊炎用药： 儿童出现毛囊炎时，外用药物相对更安全，比如儿童专用的莫匹罗星软膏等。内服药物要格外谨慎，必须在医生指导下使用，因为儿童的肝肾功能还未发育完全，药物代谢能力与成人不同，需选择对儿童相对安全的药物。