早晨起来有痰，可能由慢性咽炎、慢性扁桃体炎、支气管炎等因素引发，具体情况如下：
一、慢性咽炎：患者若长期处于受凉、疲劳、营养不良等状态，会导致机体免疫力下降，此时就容易受到细菌或病毒感染，从而引发咽部黏膜炎症，形成慢性咽炎。由于患者在夜间睡眠时多会用口呼吸，这会刺激咽部黏膜使其分泌物增多，进而造成早上起来喉咙有痰的情况，同时往往还伴有鼻塞、咽痛、咳嗽等症状。
二、慢性扁桃体炎：长期受辛辣食物刺激、维生素缺乏、感冒等因素影响而使机体免疫力降低时，一旦受到细菌或病毒感染，就容易诱发扁桃体炎症。在夜间以副交感神经兴奋为主，会促使咽喉部黏膜分泌物增加，喉咙分泌物在夜间积聚，通常表现为早上起来喉咙有痰。
三、支气管炎：主要因细菌和病毒的反复感染，或是空气污染、吸烟等原因，导致气管、支气管黏膜及其周围组织出现非特异性炎症。支气管炎会产生白色粘液状痰液，且痰液粘稠不易咳出。夜间会因为体位和副交感神经兴奋而使排痰量增多，经常出现早上起来有咳嗽、咳痰的症状。
总结概况提示：早晨起来有痰可能涉及多种疾病因素，需根据具体症状和相关表现来综合判断，以便采取针对性的治疗措施。