关键点：三个月纯母乳宝宝腹泻的原因包括生理因素、胃肠功能紊乱、急性肠炎等，治疗方法各有不同。
一、生理因素
三个月宝宝纯吃母乳，若喂养不当，比如一次性喂养过多，可能出现偶尔的腹泻，此时宝宝通常不会有明显哭闹。这种情况一般无需特殊治疗，重点在于注意正确喂养。
二、胃肠功能紊乱
宝宝年龄小，胃肠功能较为娇弱，容易出现胃肠功能紊乱，会有腹痛、腹胀、腹泻等表现。治疗上可在医生指导下使用药物，如双歧杆菌活菌散可调节肠道菌群，盐酸美贝维林片可缓解腹痛等不适。
三、急性肠炎
多由病毒或细菌感染引起，会导致腹痛、腹泻、呕吐等症状。可遵医嘱应用乳酸菌素片、双歧杆菌三联活菌散等药物进行治疗，这些药物有助于改善肠道功能，缓解症状。
总结概况提示：三个月纯母乳宝宝腹泻有多种原因，要根据具体情况进行分析和治疗，若症状持续不缓解或加重，应及时就医。