药物流产后第二天小腹疼痛是否正常需视情况而定。以下是具体分析：
一、药物流产主要用于终止49天以内的妊娠，其可使孕酮活力下降，还会让子宫强烈收缩，以助妊娠组织排出体外。
1.若第二天仅出现轻微疼痛，通常是子宫收缩所致，这一般属正常现象，无需过度担忧。
(1)子宫收缩是药物流产后的正常生理反应。
(2)这种轻微疼痛是子宫在努力排出妊娠组织的表现。
2.但要是出现严重疼痛，且伴有较严重的阴道出血或发热等症状，则可能是流产不净或妇科感染导致，此为不正常现象，严重时还可能影响身体健康。
(1)流产不净时，可选择刮宫术治疗。
(2)妇科感染引起时，需遵医嘱服用阿莫西林胶囊、头孢克肟胶囊、盐酸左氧氟沙星胶囊等药物进行治疗，以帮助恢复。
总之，药物流产后第二天小腹疼痛的情况要仔细辨别，若有异常应及时就医并采取相应的治疗措施。