会厌囊肿手术时间并没有绝对的最佳一说。临床上，一旦发现会厌囊肿，应尽早进行手术切除为好，因为越早手术效果往往越好。如果不及时处理，会厌囊肿会逐渐长大并压迫会厌部位，这会给后续治疗增加难度。而且囊肿过大时进行手术，容易出现残留，难以切干净，还可能导致复发。所以，发现会厌囊肿后，建议及时前往医院耳鼻喉科就诊，在医生指导下通过手术来改善预后。
临床上对于会厌囊肿的治疗，除了手术外，还可依据具体病因进行针对性治疗。一、如果是细菌感染导致的会厌囊肿，可选择青霉素等抗生素药物进行治疗；二、对于病毒感染引起的，在一般治疗基础上可应用利巴韦林等抗病毒药物；三、若存在声带明显充血、肿胀的情况，可口服糖皮质激素，以消除喉部黏膜水肿，减轻声音嘶哑的程度。
总之，对于会厌囊肿要重视，早发现早治疗，根据具体情况选择合适的治疗方式，以提高治疗效果和预后。