怀孕肚子会痛的原因主要包括胚胎着床、子宫增大以及少数的病理因素。
一、胚胎着床。当受精卵形成后会从输卵管运行至子宫腔，并在子宫内膜着床发育，此过程可能会对着床部位产生刺激，致使子宫发生收缩，进而出现肚子疼痛，不过这种疼痛通常并不严重，不会超出平时痛经的程度。
二、子宫增大。随着胚胎的不断生长发育，子宫为了给胚胎提供适宜的环境也会逐渐增大，子宫肌纤维会持续拉伸，这就会对神经形成刺激，从而引发肚子疼痛。
三、病理因素。像是先兆流产、宫外孕等情况，都有可能导致怀孕期间出现肚子疼，这时就需要及时前往医院就诊。
总之，怀孕时肚子痛的原因多样，需要根据具体情况进行分析和判断，如有异常应及时就医处理。