三九灸和三伏灸存在以下主要区别：
一、进行时间不同：
1.三九灸通常在冬季三九天开展，这是一年中最为寒冷的阶段，属于冬治三九治法的一种。
2.三伏灸则是在夏季三伏天进行，此阶段是一年中最热的时候，也是冬病夏治以及“治未病”治法中的一种。
二、治疗原理各异：
1.三九灸是在冬季最寒冷的三九天进行艾灸，把中药药物贴敷于不同穴位，依据患者所患疾病来选定相应穴位进行贴敷治疗，以实现祛除病邪的目的。
2.三伏灸作为冬病夏治和治未病的治法之一，通过对经络腧穴予以中药药物热敷来刺激，增强机体抵抗力与免疫力，进而预防和减少冬季疾病的发生。
三、作用有所不同：
1.三九灸对特定穴位进行药物热敷，能促进人体血液循环，起到温经散寒、活血化瘀的作用，从而达到祛除寒气、温阳通脉、健脾益气的效果。
2.三伏灸在夏天最炎热天气对经络腧穴进行药物热敷，能够祛除湿气、益气温阳、温补脾肾，以此预防或减少冬季疾病的出现。
四、适宜人群有别：
1.三九灸适合体质虚寒怕冷的人群，以及患有呼吸系统疾病和胃肠道功能不佳的患者进行。
2.三伏灸可用于两类患者，一是患有过敏性疾病如哮喘、老年慢性支气管炎等；二是由于虚寒所导致的疾病如虚寒头痛、胃痛、关节痛等。
总结：三九灸和三伏灸在进行时间、治疗原理、作用以及适宜人群等方面均存在明显差异，人们可根据自身情况和需求选择合适的疗法。