阴茎根部阴毛处长小疙瘩，原因可能有毛囊炎、皮脂腺囊肿、尖锐湿疣等。
一、毛囊炎：阴茎根部毛发较为浓密，若男性所穿内裤过紧且不透气，又长期处于高温环境，就可能引发毛囊感染而导致毛囊炎。这种情况下，局部会出现丘疹样的小疙瘩，伴有瘙痒、刺痛等症状。确诊后可外用红霉素软膏、莫匹罗星软膏等药物进行治疗，严重时还需遵医嘱口服阿奇霉素、罗红霉素等药物。患者要保持皮肤清洁卫生，勤换内衣、勤洗澡，可选择淋浴，避免坐浴。
二、皮脂腺囊肿：当油脂分泌旺盛或皮肤污垢较多时，可能会使阴囊局部出现皮脂腺囊肿，从而导致阴茎根部阴毛处长出疙瘩，严重时还会有破溃、流脓现象。若脓肿形成则需进行脓肿切开引流，并进行抗感染治疗，如遵医嘱使用头孢地尼、盐酸左氧氟沙星等。症状严重时可考虑进行手术治疗，如囊肿切除术等。
三、尖锐湿疣：主要因性接触感染人乳头瘤病毒，可能使龟头局部出现白色或红色斑点，呈菜花状或疙瘩状，且面积可能逐渐增大，同时可能伴有瘙痒、刺痛等症状。建议遵医嘱使用5%咪喹莫特霜、5%氟尿嘧啶软膏等药物进行治疗，必要时还需进行物理治疗，如冷冻疗法、激光疗法等。
总结概况提示：当阴茎根部阴毛处长小疙瘩时，可能是以上几种情况，应及时就医明确原因，并根据具体情况选择合适的治疗方法。同时要注意个人卫生和生活习惯，避免加重病情。