HPV16阳性的治疗需要根据具体情况来定，一般来说，多数免疫力正常的女性感染HPV16后可在1年内靠自身免疫力清除，约10%会持续感染。对于持续感染的情况，可能会用到干扰素等药物，但具体用药需遵医嘱。
一、自身免疫力清除为主
大多数免疫力正常的人感染HPV16后，不需要特殊用药，因为人体自身的免疫系统有能力在一定时间内清除病毒。一般来说，约80%的人在感染后的6 - 12个月内可自然清除HPV16病毒。这期间要注意保持良好的生活习惯，比如保证充足睡眠，每天尽量保证7 - 8小时的睡眠；适度运动，每周进行至少150分钟的中等强度有氧运动等，以增强自身免疫力。
二、针对持续感染的可能干预措施
1. 干扰素类药物
作用机制： 干扰素具有抗病毒、调节免疫的作用。它可以抑制病毒的复制，激活免疫系统来对抗HPV感染。不过，使用干扰素治疗HPV16感染时，疗效存在个体差异。例如，部分研究显示，使用干扰素治疗的患者中，约有一定比例的人HPV16可被清除，但具体比例因研究不同而有所差异。使用注意： 干扰素可能会有一些不良反应，如发热、头痛、乏力等。而且，它的使用需要在医生的严格指导下进行，不能自行随意使用。
2. 光动力治疗
适用情况： 对于一些伴有宫颈病变的HPV16持续感染患者，可能会采用光动力治疗。光动力治疗是利用光敏剂被HPV感染的细胞吸收后，经特定波长光照射，产生单线态氧等杀伤物质，来破坏感染细胞。但光动力治疗也有一定的适应证和禁忌证，需要医生根据患者的具体病情来判断是否适合采用该治疗方法。
三、定期监测很重要
无论是否用药，HPV16阳性患者都需要定期进行宫颈细胞学检查（如TCT）以及HPV检测，一般建议每6 - 12个月进行一次复查，以便及时发现宫颈是否出现病变等情况。如果在监测过程中发现宫颈有高级别病变等异常情况，可能需要进一步的治疗，如宫颈锥切术等，但这已经不是单纯针对HPV16阳性的药物治疗范畴了。