HPV16阳性的治疗需要根据具体情况来定，一般来说，大部分免疫力正常的女性感染HPV16后，可通过自身免疫力在1年左右清除病毒，但也有少部分会持续感染。目前针对HPV16感染并没有特效的抗病毒药物，主要是通过增强免疫力以及处理相关病变来进行干预。
自身免疫力干预方面
增强免疫力途径： 首先要保证充足的睡眠，成年人每天建议保证7~8小时的高质量睡眠，良好的睡眠有助于身体的自我修复和免疫力提升。其次要合理饮食，多摄入富含维生素和蛋白质的食物，像新鲜的蔬菜水果（每天蔬菜摄入量可达300~500克，水果200~350克）、瘦肉、鱼类等。另外，适度运动也很关键，每周可以进行至少150分钟的中等强度有氧运动，比如快走、慢跑等。
相关病变处理
宫颈低度病变处理： 如果检查发现宫颈低度病变，多数情况下也可以先观察，因为有部分能自行消退。但要定期复查，一般建议每6个月进行一次HPV和TCT（液基薄层细胞检测）检查，密切关注病变的发展情况。宫颈高度病变处理： 当出现宫颈高度病变时，可能需要进行手术治疗。比如宫颈锥切术，通过切除病变组织来达到治疗目的。手术一般在月经干净后3~7天进行，术后要注意休息，避免剧烈运动，按照医生要求按时复查伤口愈合情况以及HPV和TCT恢复情况。
药物辅助调节
干扰素类药物： 可以使用干扰素来辅助调节免疫，帮助清除HPV16病毒。干扰素一般是通过肌肉注射或者局部阴道用药的方式给药。不过使用干扰素时要注意，对干扰素过敏的人不能使用，而且在用药过程中可能会出现一些不良反应，如发热、头痛等，若出现严重不适要及时就医。中药辅助： 一些中药也被认为可能对提高免疫力、辅助清除HPV有一定作用，比如香菇多糖等中药制剂，但使用中药辅助治疗时，要在正规中医的指导下进行，不能自行盲目用药，因为中药的使用也需要根据个体的体质等情况进行辨证论治。