灰指甲根治需要综合治疗，一般可以通过外用药物、口服药物以及日常护理等方法。外用药物治疗时，像30%冰醋酸溶液，需要坚持每天涂抹，通常要连续使用3-6个月才能看到较好效果。
外用药物治疗
局部擦药： 常用的有30%冰醋酸溶液、阿莫罗芬搽剂等。30%冰醋酸溶液需要长期使用，一般每周使用1-2次，每次涂抹后最好用胶布封包，能增强效果，但要注意避免接触正常皮肤。阿莫罗芬搽剂： 每周使用1-2次，它能渗透进甲板发挥作用，不过价格相对较高，一瓶大概几十元到一百多元不等。
口服药物治疗
抗真菌药物： 如伊曲康唑胶囊，采用冲击疗法，即每次200mg，每天2次，连服7天，停药21天为一个疗程，一般需要2-3个疗程。还有特比萘芬片，每天口服250mg，一般指甲受累需要服用6-12周，趾甲受累需要服用12-16周。不过口服抗真菌药物有一定的肝毒性风险，所以在用药前需要检查肝功能，用药过程中也要定期复查肝功能。
日常护理要点
保持足部干燥： 灰指甲多与足部潮湿有关，所以要勤换鞋袜，尽量选择透气的鞋子，比如每天更换袜子，鞋子最好经常晾晒，保持脚部干燥，湿度最好控制在50%以下。避免交叉感染： 不要与他人共用拖鞋、脚盆等物品，家里有其他人有脚气等真菌感染问题时也要及时治疗，防止相互传染。公共场所如公共浴室、游泳池等要注意防护，避免直接接触可能被污染的地面等。