引起卵巢早衰的原因较多，一般认为女性在40岁之前出现卵巢功能减退，就可能是卵巢早衰，其常见原因如下：
遗传因素导致
染色体异常： 比如X染色体异常是导致卵巢早衰的重要遗传因素。约10%的卵巢早衰患者存在X染色体异常，像特纳综合征（45，XO或其他变异型），就会使卵巢发育异常，从而引发卵巢早衰。基因突变： 某些特定基因的突变也会增加卵巢早衰的发生风险。例如FOXL2基因的突变，会影响卵巢的正常功能，导致卵泡过早耗竭。
自身免疫性疾病影响
甲状腺疾病相关： 患有自身免疫性甲状腺疾病的女性，发生卵巢早衰的几率比正常人群高。比如自身免疫性甲状腺炎患者，体内存在的自身抗体可能同时攻击甲状腺和卵巢组织，进而影响卵巢功能。据统计，约10% - 20%的卵巢早衰患者合并有自身免疫性甲状腺疾病。其他自身免疫病： 像类风湿关节炎等自身免疫性疾病，也可能通过机体的自身免疫反应波及卵巢，干扰卵巢的正常内分泌和排卵功能，引发卵巢早衰。
医源性因素所致
手术影响： 卵巢部位的手术，如卵巢囊肿剥除术、输卵管癌根治术等，如果手术范围较大，可能会破坏卵巢组织，影响卵巢功能，导致卵巢早衰。尤其是青春期前或年轻女性进行这类手术，对卵巢功能的影响更为明显。化疗与放疗： 接受化疗或盆腔放疗的女性，化疗药物和放射线会损伤卵巢的卵泡，导致卵泡数量减少，卵巢功能提前衰退。例如，乳腺癌患者在进行含烷化剂的化疗后，约20% - 30%会出现卵巢早衰；盆腔恶性肿瘤患者放疗后，卵巢功能受损的概率也较高。