肛瘘最主要的症状为流脓与疼痛。
一、流脓：这是肛瘘较为常见的表现。瘘管的长短及大小会对脓液量产生影响，当脓液突然增多时，往往提示有新瘘管形成或瘘管出现感染。若外口暂时封闭，流脓会暂时停止，进而可能导致体温升高、感染扩散，局部肿胀并形成脓肿。此时患者应及时前往医院，听从医生建议进行医治，可在医生指导下服用一些药物，如头孢拉定胶囊能起到抗菌消炎的作用；罗红霉素分散片可用于抑制病菌；阿莫西林胶囊能有效对抗感染等，以免病情被延误。
二、疼痛：当瘘管引流不通畅时患者会感觉到疼痛，同时肛门周围皮肤受分泌物刺激，还会导致局部皮肤出现湿疹而引发瘙痒感。若肛瘘反复发作，会使局部形成瘢痕，瘢痕可造成局部狭窄进而导致排便困难。所以患者需及时进行治疗，以防延误病情。
总之，肛瘘患者会出现流脓和疼痛等典型症状，一旦发现相关症状应尽快就医治疗，避免病情加重带来更多不良后果。