毛囊炎的治疗药物需根据病情来选。一般来说，轻度毛囊炎可外用药物治疗，中重度可能需要结合口服药物。
外用药物治疗
抗生素类外用药：如果是细菌感染引起的毛囊炎，常用莫匹罗星软膏，它能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌作用。还有夫西地酸乳膏，对革兰阳性球菌尤其葡萄球菌和链球菌有较好的抗菌活性。抗真菌类外用药：要是真菌感染导致的毛囊炎，像酮康唑乳膏就可以用，它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌细胞膜结构和功能。还有特比萘芬乳膏，能抑制真菌角鲨烯环氧化酶，干扰真菌固醇的早期生物合成。
口服药物治疗
抗生素类口服药：当毛囊炎比较严重，外用药物效果不佳时，可能会用到口服抗生素。比如头孢类抗生素，不过使用前需要确认患者不对头孢过敏。还有大环内酯类的红霉素，它能与细菌核糖体50S亚基结合，抑制细菌蛋白质合成。抗真菌类口服药：如果是顽固的真菌感染引起的毛囊炎，可能会用到口服抗真菌药，像伊曲康唑，但使用伊曲康唑时要注意监测肝功能等，而且孕妇、哺乳期妇女以及有严重肝肾功能不全的人要慎用。
注意事项
皮肤清洁：不管是用外用还是口服药物治疗，都要注意保持皮肤清洁，每天用温水清洗患处，但要避免过度清洗，以免损伤皮肤屏障。一般建议每天清洗1 - 2次即可。避免刺激：在治疗期间，要避免搔抓、挤压毛囊炎部位，防止感染扩散。同时，要穿宽松、透气的衣物，减少对皮肤的摩擦。比如穿棉质、宽松的衣服，让皮肤能更好地呼吸。特殊人群：儿童患毛囊炎时，用药要更加谨慎。儿童使用外用药物时，要选择儿童适用的剂型，并且要在成人监护下使用。孕妇如果患毛囊炎，用药需咨询医生，因为有些药物可能会对胎儿产生影响。