关键点：停经四十天彩超查不出怀孕的两种情况，一是怀孕但孕囊太小，二是未怀孕，原因可能是内分泌失调或卵巢早衰，需对症治疗。
一、孕囊太小：
彩超是通过超声多普勒技术和超声回波原理来进行成像的设备。当女性停经四十天，若已怀孕，因平时月经不规律致受精卵着床时间短，此时孕囊过小，就可能出现彩超难以查出怀孕的情况。这属于正常现象，可建议女性间隔一段时间后再次检查，以便明确是否怀孕。
二、内分泌失调：
若女性未怀孕，停经四十天是由内分泌失调引起，那么彩超自然查不出怀孕。对此，可遵医嘱使用一些药物进行治疗，比如当归调经颗粒具有补血助气、调经的功效，可用于贫血衰弱、病后、产后血虚以及月经不调等；乌鸡白凤丸有补气养血、调经止带的作用，适用于气血两虚、身体瘦弱、腰膝酸软、月经不调等；妇科调经片可以养血柔肝、理气调经，用于肝郁血虚所致的月经不调等。
三、卵巢早衰：
卵巢早衰指女性在四十岁之前卵巢丧失正常功能，若女性出现此情况，也会有停经四十天彩超查不出怀孕的现象。此时可遵医嘱使用相关药物治疗，如尼尔雌醇片可用于雌激素缺乏引起的绝经期或更年期综合征；黄体酮胶囊可用于先兆流产和习惯性流产、经前期紧张综合征等；复方戊酸雌二醇片可补充雌激素，适用于绝经后的更年期症状等。
总结：停经四十天彩超查不出怀孕存在怀孕孕囊小或未怀孕两种情况，未怀孕可能是内分泌失调或卵巢早衰导致，可根据具体情况选择合适药物进行治疗。