乙肝小三阳主要是感染乙型肝炎病毒（HBV）引起的。一般人群中约6% - 10%曾感染过乙肝病毒，而其中部分会发展为乙肝小三阳状态。
母婴传播方面
宫内感染： 少数情况下，乙肝病毒可通过胎盘传播给胎儿，不过这种情况相对较少见。据统计，在乙肝表面抗原（HBsAg）、e抗原（HBeAg）双阳性的孕妇中，约有40% - 70%的胎儿会被感染。产程传播： 胎儿在出生时，接触到母亲含有乙肝病毒的血液、羊水和阴道分泌物等而被感染，这是母婴传播的主要途径。
血液传播途径
输血或血制品传播： 过去由于对献血者乙肝筛查不严格，曾有因输入被乙肝病毒污染的血液或血制品而感染乙肝的情况，但随着筛查手段的完善，这种情况已大幅减少。现在正规血站对献血者都会进行严格的乙肝病毒检测，输血传播乙肝的风险已极低。破损皮肤黏膜接触传播： 皮肤黏膜有破损时，接触了含有乙肝病毒的血液或体液也可能被感染。比如共用剃须刀、牙刷等可能导致皮肤黏膜破损的物品时，如果上面沾染了乙肝患者的血液，就有感染风险；在消毒不严格的医疗机构进行有创操作，如纹身、打耳洞等，也存在感染乙肝病毒的可能。
性传播途径
乙肝病毒可存在于精液和阴道分泌物中，与乙肝小三阳患者进行无防护的性行为时，病毒可通过性接触黏膜破损处侵入人体导致感染。在性活跃人群中，如果一方是乙肝小三阳患者，另一方又没有接种乙肝疫苗产生保护性抗体，感染风险相对较高。