肠功能紊乱的症状较多，常见的有腹痛，大约有半数以上的肠功能紊乱患者会出现不同程度的腹痛，疼痛部位不定，以下腹和左下腹较为多见，一般在排气或排便后可缓解。
消化系统相关症状
腹胀：患者常感觉腹部胀满不适，尤其在进食后较为明显，可能会持续数小时甚至一整天。有些患者还会伴有肠鸣音亢进，能明显听到肠道蠕动的声音。腹泻：每天排便次数可能会增多，一般在3 - 5次左右，大便多为稀糊状或水样便，但没有脓血。部分患者是腹泻与便秘交替出现，腹泻时大便性状改变明显，影响正常生活。
全身伴随症状
失眠：肠功能紊乱可能会影响患者的睡眠质量，导致入睡困难、多梦、易惊醒等情况。长期的失眠会进一步加重身体的不适，形成恶性循环。据统计，约有30% - 50%的肠功能紊乱患者存在不同程度的失眠问题。焦虑抑郁：由于肠道不适长期困扰，患者容易出现焦虑、抑郁等情绪问题。比如总是担心自己的肠道状况，情绪低落，对日常活动兴趣减退，严重影响心理健康。
其他表现
食欲不振：患者会感觉没有明显的饥饿感，进食量减少，即使面对平时喜欢的食物也提不起兴趣，长期可能导致体重下降。恶心呕吐：偶尔会出现恶心的感觉，严重时可能会发生呕吐，但呕吐物一般是胃内的容物，没有胆汁等其他异常物质。