孕酮低可能由多种原因引起。比如，黄体功能不全是常见原因之一，女性卵巢中的黄体分泌孕酮，如果黄体功能不好，就可能导致孕酮水平降低。另外，内分泌系统出现问题也可能影响孕酮分泌，像甲状腺功能异常等情况，可能干扰激素的正常调节，进而使得孕酮水平偏低。还有，一些疾病因素也可能导致孕酮低，比如多囊卵巢综合征患者，其体内激素平衡被打破，孕酮往往处于较低水平。
黄体相关因素导致孕酮低
卵巢黄体发育不全： 正常情况下，卵巢排卵后会形成黄体，黄体分泌孕酮。如果黄体发育不全，其分泌孕酮的量就会减少，从而导致孕酮水平降低。一般来说，这种情况在女性的排卵期后可能会更明显地体现出孕酮偏低的情况。黄体萎缩不全： 黄体应该在合适的时间萎缩，如果黄体萎缩不全，就会持续分泌少量孕酮，但整体水平还是低于正常范围。这会影响子宫内膜的正常脱落等生理过程。
内分泌系统影响孕酮低
甲状腺功能异常： 甲状腺是重要的内分泌器官，甲状腺功能减退时，会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，进而影响孕酮的分泌。有研究发现，约有一定比例的甲状腺功能减退患者会伴随孕酮水平降低的情况。其他内分泌腺体问题： 比如肾上腺功能异常等，也可能通过影响激素的分泌调节，间接导致孕酮水平偏低。肾上腺分泌的一些激素会参与到整个内分泌调节网络中，一旦肾上腺功能出现问题，就可能波及孕酮的分泌。
疾病引发孕酮低
多囊卵巢综合征： 这是一种常见的妇科内分泌疾病，患者体内雄激素水平升高，胰岛素抵抗，下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节紊乱。在这种情况下，卵巢难以正常排卵，黄体形成受到影响，从而导致孕酮分泌不足，孕酮水平普遍较低。据统计，很多多囊卵巢综合征患者都存在孕酮偏低的情况。其他妇科疾病： 像子宫内膜异位症等疾病，也可能影响孕酮的分泌。子宫内膜异位症会导致盆腔环境改变，影响卵巢的正常功能，进而干扰孕酮的产生。