腱鞘囊肿的治疗方法有多种，一般较小的囊肿有一定自愈可能，若需治疗，常见方式如下：
非手术治疗
自行吸收：部分较小的腱鞘囊肿可能在几周至几个月内自行吸收消退，无需特殊处理，但要注意观察囊肿变化。挤压法：医生可以通过外力将囊肿挤破，让其内容物流出，被机体吸收，但有复发的可能。不过这种方法适用于一些比较表浅、较小的囊肿。穿刺抽吸：用注射器将囊肿内的液体抽出，然后向囊内注射激素类药物，如曲安奈德等，之后加压包扎。不过这种方法也有复发的情况，一般多次穿刺抽吸可能会降低复发几率。
手术治疗
适用情况：如果腱鞘囊肿较大，影响关节活动，或者经过非手术治疗复发多次的情况，可以考虑手术切除。手术切除相对彻底，但也存在一定的复发风险，不过总体复发率比穿刺抽吸等方法低一些。手术一般在局部麻醉下进行，术后需要适当休息，避免过早活动导致复发。术后注意：术后要保持伤口清洁干燥，避免感染，一般术后1 - 2周可以拆线。同时，在恢复期间要注意保护手术部位，避免过度使用相关关节。
康复锻炼辅助
适当活动：在腱鞘囊肿治疗后，进行适当的康复锻炼有助于恢复关节功能。比如对于手部的腱鞘囊肿，在恢复阶段可以进行一些简单的手部屈伸、抓握等动作练习，但要注意循序渐进，避免过度劳累。一般在术后几周内就可以逐步开始简单的康复锻炼，但要根据个人的恢复情况来调整锻炼的强度和时间。避免过度劳损：无论是保守治疗还是手术治疗后，都要注意避免相关关节的过度劳损。比如长期从事打字工作的人，要注意定时休息，活动手指，防止腱鞘囊肿复发。因为过度使用关节会增加腱鞘的负担，容易导致腱鞘囊肿再次形成。