脉络丛囊肿形成的原因目前尚不完全明确，一般认为可能与胎儿发育过程中的多种因素有关。大约90%以上的脉络丛囊肿在妊娠26周后会逐渐缩小或消失。
染色体因素相关
染色体异常关联： 部分脉络丛囊肿可能与染色体异常存在关联，尤其是21 - 三体综合征等染色体疾病相关。有研究发现，在染色体异常的胎儿中，脉络丛囊肿的发生率相对较高。比如，当胎儿存在21 - 三体综合征时，出现脉络丛囊肿的概率比正常胎儿要高一些。性染色体影响： 性染色体异常也可能对脉络丛囊肿的形成产生作用。一些研究观察到，性染色体异常的胎儿发生脉络丛囊肿的情况也较为常见。
脑脊液循环相关
脑脊液流动变化： 脉络丛是产生脑脊液的重要结构，当脑脊液的循环流动出现轻微变化时，可能会影响脉络丛的正常结构和功能，从而导致脉络丛囊肿的形成。例如，脑脊液在脉络丛周围的流动速度、压力等发生改变，就可能使脉络丛局部出现囊性改变。吸收异常因素： 脑脊液的吸收过程如果出现异常，也可能与脉络丛囊肿的形成有关。如果脑脊液吸收障碍，会导致局部脑脊液积聚，进而影响脉络丛的形态，使得脉络丛局部形成囊肿样结构。
发育阶段相关
胎儿发育早期影响： 在胎儿发育的早期阶段，神经上皮的发育等过程如果受到一些轻微的干扰，就可能影响脉络丛的正常发育，增加脉络丛囊肿形成的风险。比如，在妊娠早期，受到一些微小的环境因素、母体自身的轻微生理变化等影响，可能干扰胎儿脉络丛的正常发育。妊娠中期的表现： 在妊娠中期进行超声检查时，容易发现脉络丛囊肿。这是因为在妊娠中期，胎儿的脉络丛发育到一定阶段，此时如果存在发育上的小问题等，就比较容易显现出脉络丛囊肿的情况。