脉络丛囊肿目前确切的病因还不是完全清楚，一般认为可能与胎儿发育过程中的正常变异有关，有研究显示大约1%~2%的胎儿会出现脉络丛囊肿。
胎儿发育阶段因素
孕早期发育：在胎儿发育的孕早期，脉络丛是产生脑脊液的重要结构。在这个阶段，脉络丛内可能会出现一些小的囊肿，这可能是由于脉络丛发育过程中局部脑脊液循环暂时出现小的异常，导致局部形成囊肿样结构。一般来说，孕14 - 24周是胎儿脉络丛囊肿比较常见被发现的时间段。基因相关因素：虽然具体机制尚不明确，但有研究推测可能与胎儿的基因表达异常有一定关联。某些基因的突变或表达调控异常可能影响脉络丛的正常发育，从而导致脉络丛囊肿的形成。不过这种基因相关因素导致的脉络丛囊肿并不是普遍存在的情况，只是有一定的发生概率。
脑脊液循环相关因素
脑脊液循环局部受阻：脉络丛产生脑脊液并参与脑脊液的循环过程。如果在胎儿发育过程中，脉络丛所在区域的脑脊液循环出现局部的小范围受阻，就可能使得局部脑脊液积聚，形成囊肿样结构。例如，脉络丛内的某个小通道暂时堵塞，导致脑脊液在局部聚集，进而形成脉络丛囊肿。不过这种局部受阻往往是暂时的，很多情况下随着胎儿的发育，脑脊液循环恢复正常，脉络丛囊肿可能会自行消失。脑脊液生成与吸收失衡：正常情况下，脑脊液的生成和吸收处于动态平衡状态。如果在胎儿时期，这种平衡出现短暂的失衡，比如脑脊液生成略多于吸收，就可能在脉络丛局部形成相对积液的情况，表现为脉络丛囊肿。但这种失衡通常是短暂的生理波动，大部分胎儿能够自行调整恢复正常的脑脊液循环平衡。
其他可能因素
环境因素的潜在影响：虽然目前没有确凿证据表明环境因素直接导致脉络丛囊肿，但有一些研究在探索可能的关联。例如，孕妇在孕期接触某些特殊的化学物质、处于特殊的辐射环境等，虽然这种影响的机制还不清晰，但从理论上不能完全排除对胎儿脉络丛发育产生一定影响从而导致脉络丛囊肿的可能性。不过这种情况相对较少见，更多的脉络丛囊肿还是考虑与胎儿自身发育过程中的内部因素相关。母体自身状况影响：母体的一些自身状况，如孕期的营养状况、是否患有某些全身性疾病等，可能间接影响胎儿的发育。例如，母体孕期营养不良可能会影响胎儿各个器官系统的正常发育，包括脉络丛的发育，从而增加脉络丛囊肿的发生风险。但这种影响也是比较间接的，而且在大多数正常孕期营养状况下，胎儿仍然能够正常发育，只有当母体营养严重缺乏时才可能产生较明显的影响。