脉络丛囊肿的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与胎儿发育过程中的染色体异常、脑脊液循环障碍等因素有关。据研究，约90%的脉络丛囊肿在妊娠26周后会自然消失。
染色体因素相关
染色体数目异常： 当胎儿存在染色体数目异常时，比如21 - 三体综合征等染色体疾病，可能会增加脉络丛囊肿出现的概率。染色体数目异常会干扰胎儿正常的发育进程，影响脉络丛的正常结构和功能，从而导致囊肿形成。染色体结构异常： 染色体结构发生改变，如染色体片段的缺失、重复等，也可能与脉络丛囊肿的产生相关。这种结构上的异常会打破胎儿发育的稳定状态，使得脉络丛局部出现异常，进而形成囊肿。
脑脊液循环相关
脑脊液产生与吸收失衡： 在胎儿发育过程中，如果脑脊液的产生速度和吸收速度出现失衡情况，就可能影响脉络丛周围的液体环境。当脑脊液在局部积聚时，可能会促使脉络丛局部形成囊肿。正常情况下，脑脊液的产生和吸收处于动态平衡，而这种失衡一旦出现，就为脉络丛囊肿的形成创造了条件。脉络丛局部循环障碍： 脉络丛自身的血液循环或者脑脊液循环出现局部障碍，会导致脉络丛组织的微环境发生变化。局部的代谢产物等不能正常排出，使得脉络丛组织发生一些病理性改变，最终形成囊肿。例如局部的小血管堵塞等情况，会影响脉络丛对脑脊液的正常调节作用，进而引发囊肿。
其他可能因素
遗传因素： 虽然具体的遗传机制还不十分清楚，但有一定的家族遗传倾向。如果家族中有过胎儿出现脉络丛囊肿的情况，那么后代胎儿出现脉络丛囊肿的风险可能会相对较高。遗传因素可能通过影响胎儿发育相关的基因表达等方面，增加脉络丛囊肿发生的可能性。母体因素： 母体在孕期的一些情况也可能对胎儿脉络丛囊肿的形成产生影响。比如母体在孕期接触某些有害物质，像放射性物质、某些药物等，可能会干扰胎儿的正常发育，导致脉络丛囊肿出现。另外，母体的营养状况如果不佳，缺乏一些关键的营养物质，也可能影响胎儿的发育，增加脉络丛囊肿发生的几率。