皮脂腺囊肿主要是由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀所形成的潴留性囊肿。一般来说，皮脂腺排泄管阻塞是导致皮脂腺囊肿的关键原因。
毛囊口堵塞因素
皮肤清洁不到位：如果长时间不注意皮肤清洁，皮肤表面的灰尘、污垢等容易堵塞毛囊口。比如，有些人好几天才洗一次脸，尤其是油性皮肤的人，油脂分泌旺盛，若不及时清洁，就更易造成毛囊口堵塞，进而增加皮脂腺囊肿的发生风险。化妆品残留问题：经常化妆的人，如果卸妆不彻底，化妆品残留会堵塞皮脂腺的排泄管。像一些防水型的彩妆产品，如果卸妆不仔细，很可能残留在毛孔中，久而久之就可能引发皮脂腺囊肿。
皮肤损伤相关因素
机械性损伤：皮肤受到外力摩擦、搔抓等机械性损伤时，容易使毛囊口受损，从而影响皮脂腺的正常排泄。例如，有些人皮肤瘙痒时会用力搔抓，这就可能导致毛囊口损伤，增加皮脂腺囊肿发病几率。手术或外伤后：皮肤经过手术或受到外伤后，局部组织修复过程中可能会影响皮脂腺的正常结构和功能，使得皮脂腺排泄管不畅，进而形成囊肿。比如，皮肤受伤后愈合过程中如果出现异常，就可能引发皮脂腺囊肿。
皮脂腺自身因素
皮脂腺分泌旺盛：青春期时，体内雄激素水平升高，会使皮脂腺分泌功能增强。此时皮脂腺分泌大量皮脂，如果排泄不及时，就容易造成排泄管阻塞，进而形成皮脂腺囊肿。据统计，青春期人群皮脂腺囊肿的发生率相对较高，就是因为这个时期皮脂腺分泌较为旺盛。皮脂腺导管异常：个体皮脂腺导管本身存在先天性的异常情况，比如导管狭窄、弯曲等，这会影响皮脂的正常排出。这种先天性的导管异常就可能导致皮脂腺分泌物潴留，逐渐形成囊肿。