治口腔溃疡的药物有多种，常见的局部用药如西瓜霜喷剂，一般使用后能在数小时内缓解疼痛，促进溃疡面愈合。
局部外用药物
复方氯己定含漱液： 可以清洁口腔，抑制细菌生长，帮助减轻口腔溃疡引起的炎症，通常每天含漱3 - 4次，每次含漱1分钟左右。冰硼散： 具有清热解毒、消肿止痛的作用，直接涂抹在溃疡面上，能缓解疼痛，促进溃疡愈合，但儿童使用时要注意避免误吞。
促进愈合类药物
重组人表皮生长因子凝胶： 通过促进细胞的增殖、分化，加速溃疡创面的愈合。一般清洁口腔后，将凝胶涂抹在溃疡处，每天使用2 - 3次。维生素B2片： 可以参与机体的代谢，对于因缺乏维生素B2引起的口腔溃疡有一定辅助治疗作用，可将维生素B2片研成粉末，涂在溃疡面上。
缓解疼痛类药物
利多卡因凝胶： 属于局部麻醉药，能快速缓解口腔溃疡带来的剧烈疼痛，不过只能短期使用，避免长期依赖，在进食前5 - 10分钟涂抹在溃疡处。苯佐卡因凝胶： 同样是用于缓解口腔溃疡的疼痛，涂抹后能在较短时间内减轻疼痛感觉，但也不建议频繁大量使用。
其他情况用药
如果口腔溃疡是由于免疫力低下引起，可在医生指导下使用免疫调节剂，如转移因子胶囊等，但这类药物需要严格遵循医嘱使用。对于因系统性疾病导致的口腔溃疡，如白塞病等引起的口腔溃疡，需要针对原发病进行治疗，会使用到糖皮质激素等药物，但使用这类药物有严格的适应证和禁忌证，必须在医生的规范诊断和指导下应用，且要密切监测相关不良反应。