肛窦炎的治疗药物选择需根据病情等因素决定，一般可选用抗生素类药物等。比如对于细菌感染引起的肛窦炎，可使用甲硝唑等药物。
药物治疗方面
抗生素类药物： 如果肛窦炎是由细菌感染导致，常用的有甲硝唑等。甲硝唑对厌氧菌有较好的抑制作用，能帮助减轻炎症。不过使用时要注意，对甲硝唑过敏者禁用。中药坐浴： 一些中药方剂也可用于肛窦炎的辅助治疗。比如用苦参、黄柏等中药煎水坐浴，具有清热燥湿、消肿止痛的作用。一般每天可坐浴1 - 2次，每次15 - 20分钟左右。但在坐浴时要注意温度适中，避免烫伤。
局部用药
栓剂： 可以使用肛泰栓等栓剂，将其塞入肛门内，起到局部消炎、消肿的作用。使用栓剂时要注意正确的操作方法，避免损伤肛门黏膜。膏剂： 像马应龙麝香痔疮膏等膏剂，也可涂抹在肛门周围，能缓解肛窦炎引起的疼痛、肿胀等症状。涂抹时要轻轻按摩，促进药物吸收，但如果肛门周围皮肤有破损则不适合使用。
注意事项
饮食方面： 患者要注意避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒等，这些食物可能会加重肛窦炎的症状。同时要多吃蔬菜水果，保持大便通畅，建议每天饮水量保持在1500 - 2000毫升左右，以利于排便。生活习惯： 要养成良好的排便习惯，避免久坐、久蹲，每次排便时间不宜过长，最好控制在5 - 10分钟以内。另外，要注意肛门局部的清洁卫生，便后可用温水清洗肛门，保持肛门局部的清洁干燥。特殊人群： 孕妇患有肛窦炎时用药要特别谨慎，应在医生的指导下选择相对安全的药物进行治疗。儿童患有肛窦炎时，用药更要严格遵循医生的建议，避免使用不适合儿童的药物。