喝酵素目前并没有被科学证实能带来明确且普遍认可的特定好处。不过从一些研究角度来看，部分酵素可能在一定程度上与肠道消化等有间接关联，但这也缺乏充分且严谨的大规模临床证据支持。
对肠道消化的潜在影响
调节肠道菌群： 有观点认为某些酵素可能含有一些酶类物质，理论上或许能对肠道内的菌群产生一定影响，不过目前相关研究还比较有限，且不同酵素的成分差异很大，实际作用不明确。促进消化液分泌： 有推测部分酵素可能会刺激人体消化液的分泌，从理论上来说可能会在一定程度上帮助食物的初步消化，但这也需要更多高质量研究来证实。
对营养吸收的可能作用
辅助营养分解： 一些酵素被宣传有帮助分解食物中营养成分的作用，比如分解碳水化合物、蛋白质等，但目前并没有确凿的科学依据表明喝酵素就能显著促进人体对营养的吸收，而且正常的消化吸收过程是由人体自身的消化系统和一系列复杂的生理机制来完成的。特定营养相关： 某些酵素可能被声称与特定营养的利用有关，但现有的科学证据并不支持喝酵素就能有明确的提升营养吸收效率的效果，人体对营养的吸收是一个受多种因素严格调控的复杂过程。
对代谢方面的模糊关联
代谢调节猜想： 有一些关于酵素对代谢影响的说法，比如认为可能对脂肪代谢等有一定作用，但这都只是非常初步的、缺乏有力证据支撑的猜想。目前没有科学研究能确切证明喝酵素就能对人体的新陈代谢起到实质性的、有益的调节作用来改善健康状况等。