口腔溃疡的治疗药物需根据具体情况选择，一般来说，局部用药相对常用且有效。例如，局部使用西瓜霜喷剂，大约能在几天内缓解症状。
局部用药缓解
含漱剂： 如氯己定含漱液，可用于清洁口腔，抑制细菌滋生，一般每天含漱2 - 3次，能帮助减轻口腔溃疡部位的炎症。含片： 西地碘含片，含服时药物可在口腔内缓慢释放，起到杀菌、消肿的作用，一次含服1片，一日3 - 5次。
促进愈合类药物
溃疡散剂： 冰硼散，将其撒于溃疡表面，有清热解毒、消肿止痛的功效，能促进溃疡面的愈合，但儿童使用时需谨慎，避免误吸。凝胶类药物： 重组人表皮生长因子凝胶，可促进口腔黏膜上皮细胞的增殖、迁移，加快溃疡的愈合过程，直接涂于溃疡部位即可。
补充维生素类
维生素B族： 当人体缺乏维生素B₂等时容易引发口腔溃疡，可适当补充维生素B族制剂。一般成人每天摄入维生素B₂的推荐量男性约1.4mg，女性约1.2mg，通过口服维生素B族片剂来补充，但不建议自行长期大量服用，应在医生指导下根据自身情况补充。维生素C： 有研究表明，适当补充维生素C可能对口腔溃疡的恢复有一定帮助，正常成年人每天维生素C的推荐摄入量约100mg，可通过多吃富含维生素C的水果如橙子、猕猴桃等，也可口服维生素C片剂，但同样不宜过量服用。
调节免疫类药物
中成药： 如复方甘草酸苷片，具有免疫调节作用，可用于治疗口腔溃疡等疾病，但孕妇及哺乳期妇女应慎用，且服用过程中需定期监测血钾及血压等指标。免疫调节剂： 对于反复复发且症状较严重的口腔溃疡患者，可能会用到转移因子口服液等免疫调节剂，但这类药物的使用需要严格遵循医生的建议，因为其使用有一定的适应证和禁忌证，比如正在接受免疫抑制治疗的患者可能不适合使用。