动眼神经麻痹的原因有多种。一般来说，颅内动脉瘤是常见原因之一，约有15% - 20%的后交通动脉瘤可引发动眼神经麻痹。
颅内病变导致
动脉瘤： 颅内动脉瘤是引起动眼神经麻痹较常见的原因。特别是后交通动脉瘤，它会压迫动眼神经，导致动眼神经麻痹。动脉瘤的形成与血管壁结构异常等因素有关。脑血管畸形： 脑内的血管畸形，如动静脉畸形等，也可能影响到动眼神经周围的血管，导致血液供应异常，进而引发动眼神经麻痹。脑血管畸形是先天性的血管发育异常所致。肿瘤： 颅内的肿瘤，像鞍区的肿瘤，如垂体瘤、颅咽管瘤等，当肿瘤生长到一定程度时，会压迫动眼神经，引起动眼神经麻痹。肿瘤的压迫会逐渐影响神经的正常功能。
头面部外伤引起
颅脑外伤： 头部受到外伤，比如车祸、摔倒等导致的颅脑外伤，可能会直接损伤动眼神经，从而引发动眼神经麻痹。外伤的严重程度不同，对动眼神经的损伤程度也不一样。眼眶外伤： 眼眶部位的外伤，例如眼眶骨折等，也可能波及动眼神经，造成动眼神经麻痹。眼眶内的结构损伤可能会影响到动眼神经的走行和功能。
感染因素导致
脑膜炎： 某些类型的脑膜炎，如细菌性脑膜炎、病毒性脑膜炎等，炎症波及到动眼神经周围的组织，会引起动眼神经的炎症反应，导致动眼神经麻痹。脑膜炎是由于病原体感染脑膜引起的。鼻窦炎： 严重的鼻窦炎，炎症可能蔓延至颅内，影响到动眼神经，引发动眼神经麻痹。鼻窦与颅内相邻，炎症容易扩散。
全身性疾病相关
糖尿病性神经病变： 糖尿病患者如果血糖控制不佳，长期高血糖会导致神经病变，动眼神经也可能受到影响，出现动眼神经麻痹。大约有5% - 10%的糖尿病患者可能会发生动眼神经麻痹，这与糖尿病引起的神经缺血、缺氧等因素有关。高血压病： 长期高血压控制不佳，可能会引起脑血管的病变，影响到动眼神经的血液供应，从而导致动眼神经麻痹。高血压会使血管壁承受过高压力，影响神经的血供。