药流后第5天肚子疼的原因可能有宫内残留或宫内感染，应让患者去医院完善检查并对症处理，具体如下：
一、宫内残留：
1.药流后若流产不全，子宫内的妊娠残留物会刺激子宫收缩，从而致使患者肚子疼。
2.患者应到医院进行B超检查，若确诊为流产不全，必要时需考虑实施清宫术清宫。
二、宫内感染：
1.药流过程时间较长，期间宫口处于开放状态，这会使病原体更易入侵，引发妇科炎症，如盆腔炎、子宫内膜炎等，一旦出现炎症感染就会有肚子疼的表现。
2.确诊感染后需在医生指导下应用合适的抗生素进行抗感染治疗，常用药物有头孢菌素、甲硝唑等。日常生活中要注意保持外阴卫生，定期用清水清洗外阴，且保持清淡饮食。
总之，药流后第5天肚子疼存在多种可能，患者应及时就医检查明确原因，并根据具体情况采取相应的治疗措施。同时，要做好日常护理，以促进身体恢复。