肠炎的治疗药物需根据病因等情况来定，比如细菌感染引起的肠炎，常用诺氟沙星等喹诺酮类药物，但18岁以下人群一般不建议使用喹诺酮类药物；如果是病毒感染引起的肠炎，通常以对症治疗为主。一般来说，治疗肠炎的药物有抗生素类、益生菌类等。
抗生素类药物针对细菌感染性肠炎
诺氟沙星： 属于喹诺酮类抗生素，对肠道常见的大肠杆菌等有抗菌作用，能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而杀菌。但18岁以下的人群由于可能影响软骨发育，一般不使用该药物。左氧氟沙星： 也是喹诺酮类抗生素，抗菌谱较广，对多种革兰阴性菌和阳性菌有作用。不过同样，18岁以下人群需谨慎，孕妇及哺乳期女性也应避免使用。
益生菌类药物调节肠道菌群
双歧杆菌三联活菌胶囊： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌和肠球菌等有益菌，能补充肠道有益菌群，调整肠道菌群失衡状态，改善肠炎引起的肠道功能紊乱。一般可用于成人和儿童的肠炎辅助治疗。枯草杆菌二联活菌颗粒： 含有枯草杆菌和屎肠球菌，可直接补充正常生理活菌，抑制肠道内有害细菌过度繁殖，促进肠道对营养物质的消化、吸收，增强肠道功能。儿童可服用，用低于40℃的温水或牛奶冲服。
止泻类药物缓解腹泻症状
蒙脱石散： 具有层纹状结构及非均匀性电荷分布，对消化道内的病毒、细菌及其产生的毒素有固定、抑制作用，对消化道黏膜有覆盖保护能力，并通过与黏液糖蛋白相互结合，从质和量两方面修复、提高黏膜屏障对攻击因子的防御功能。成人及儿童腹泻时均可服用，将本品倒入50毫升温开水中摇匀后服用。黄连素： 即小檗碱，对大肠杆菌、痢疾杆菌等有抑制作用，可用于肠道感染引起的肠炎腹泻。一般成人一次0.1~0.3克，一日3次，儿童需按体重减量服用。
抗炎类药物针对炎症性肠炎
美沙拉嗪： 适用于溃疡性结肠炎等炎症性肠炎，它可以抑制引起炎症的前列腺素合成和炎性介质白三烯的形成，从而对肠道黏膜起到抗炎作用。有不同的剂型，如肠溶片等，服用方法需根据剂型遵医嘱。