治肠炎的药物有多种，比如常用的黄连素片，对肠道细菌感染引起的肠炎有一定作用。一般来说，对于细菌感染导致的肠炎，常用的药物有抗生素类和调节肠道菌群类等。
一、抗生素类药物
针对细菌感染性肠炎：如果是细菌感染引起的肠炎，常用的有诺氟沙星，它能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥抗菌作用。但需要注意，18岁以下的未成年人禁用诺氟沙星，因为可能会影响骨骼发育。对于大肠杆菌感染引发的肠炎：庆大霉素也可使用，它能与细菌核糖体30S亚基结合，抑制细菌蛋白质合成，起到抗菌效果。不过，庆大霉素有耳毒性和肾毒性，使用时要谨慎，肾功能不全者以及老年人要在医生密切监测下使用。
二、调节肠道菌群类药物
肠道菌群失调引起的肠炎：双歧杆菌三联活菌胶囊就比较常用，它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌和粪肠球菌等有益菌，能补充肠道有益菌，调整肠道菌群平衡，抑制肠道有害菌生长，从而改善肠炎症状。一般来说，它可以在饭前半小时用温水送服。枯草杆菌二联活菌颗粒：也常用于肠炎的治疗，里面的枯草杆菌和屎肠球菌等有益菌能调节肠道菌群，促进肠道恢复正常功能。儿童可以服用，用低于40℃的温水或牛奶冲服都可以。
三、止泻类药物
腹泻严重的肠炎：蒙脱石散是常用的止泻药，它可以在肠道内形成一层保护膜，吸附肠道内的病毒、细菌和毒素等，起到止泻作用。成人每次可以服用1袋（3克），用50毫升温水溶解后服用，每天3次。但要注意，如果是感染性肠炎，不能单纯只止泻，还需要配合抗感染等治疗。药用炭片：也能吸附肠道内的气体和毒素，用于腹泻的辅助治疗。成人一次3 - 10片，一天3次，但如果是肠炎伴有腹胀等情况时可以考虑使用。