婴儿肛瘘的治疗并无绝对的最好方式。肛瘘的治疗主要依靠手术，药物治疗基本不起作用，但因婴儿年龄小，手术操作困难且术后护理不易，通常建议先采取保守治疗，等其5岁后再进行手术治疗。婴儿肛瘘多因新生儿腹泻污染肛周，进而导致肛旁脓肿，破溃出脓而形成。
一、婴儿肛周皮肤娇嫩，肛门括约肌较为松弛宽阔，易被粗糙尿布擦伤，或引发黏膜外翻受损。
1.由于小儿肛瘘管道相对短浅，排脓后症状能很快缓解，且多数可自愈，部分患儿会随年龄增长而自愈。
2.所以一般主张尽量避免手术治疗，日常要注意局部清洁卫生，多吃粗纤维食物，以利于大便通畅。
3.还要对症处理，每日清洁肛门并坐浴，可在医生指导下适当使用抗生素，如头孢类，局部可用金黄如意膏外敷等进行消炎、消肿治疗，控制和减少脓肿发生，加速自愈。
二、对反复发作且不能自愈的患儿，要择期到能承受手术时，再进行手术治疗，治疗可采用微创技术，找到原发内口，并将感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，手术年龄以5至10岁为宜。
1.家长千万不可自行将脓肿刺破或挤脓，以免造成感染等意外情况。
2.术后也要注重患处的消毒和护理。
总之，对于婴儿肛瘘，要根据具体情况选择合适的治疗方法，保守治疗期间要做好相关护理，手术治疗时要选择合适的时机和技术，并做好术后护理。