婴儿肛瘘的治疗并无绝对的最好方式。肛瘘通常以手术治疗为主，但药物治疗基本无效，然而鉴于婴儿年龄小，手术操作困难且术后护理不易，一般先倾向于保守治疗，待到5岁后再考虑手术。婴儿肛瘘多因新生儿腹泻污染肛周致肛旁脓肿，破溃出脓而形成。婴儿肛周皮肤稚嫩，肛门括约肌较为松弛宽阔，易被粗糙尿布擦伤或因黏膜外翻受损。由于小儿肛瘘管道相对短浅，排脓后症状常能迅速缓解，且多数可自愈，部分患儿会随年龄增长而自行痊愈。
一、所以一般主张尽量避免手术治疗，日常要注意局部清洁卫生，多食用粗纤维食物以利于大便通畅。
1.还要对症处理，每日清洁肛门并坐浴。
(1)可在医生指导下适当使用抗生素，如头孢类。
(2)局部可用金黄如意膏外敷等进行消炎、消肿治疗，以控制和减少脓肿发生，促进自愈。
二、对反复发作不能自愈的患儿，需择期至能承受手术时再行手术治疗，可采用微创技术，找到原发内口，将感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，手术年龄以5至10岁为宜。
1.家长切不可自行将脓肿刺破或挤脓，以免引发感染等意外情况。
2.术后也要重视患处的消毒与护理。
总之，对于婴儿肛瘘，要根据具体情况选择合适的治疗方法，保守治疗期间要做好各方面护理，手术治疗则要选择合适时机和方式，并做好术后护理工作。