反流性胃食管炎比较典型的症状是烧心，大约有50%~70%的患者会出现，通常是在进食后1小时左右出现，胸骨后有灼热感。另外一个常见症状是反流，约有30%~60%的患者会有反流情况，表现为胃内容物反流到咽部或口腔，一般在餐后、平卧或弯腰时容易发生。
常见的消化道症状
反酸： 患者会感觉到有酸性物质从胃内涌上口腔，尤其在空腹时可能更明显，大约有60%左右的反流性胃食管炎患者会出现反酸症状。吞咽困难： 部分患者会有吞咽困难的情况，初期可能是因为食管炎引起食管痉挛，出现间歇性吞咽困难，后期可能因食管瘢痕形成狭窄，变为持续性吞咽困难，不过这种情况相对少见。
食管外相关症状
咳嗽： 反流物刺激或损伤食管以外的组织器官，比如刺激气道可能会引起咳嗽，有研究显示约有10%~40%的反流性胃食管炎患者会以咳嗽为主要表现。哮喘： 反流物可能诱发哮喘发作，一些哮喘患者如果合并反流性胃食管炎，哮喘症状会更难控制，大约有5%~10%的哮喘患者与反流性胃食管炎有关。咽喉炎： 反流物刺激咽喉部，可导致咽喉炎，出现咽部异物感、声音嘶哑等症状，有相当一部分慢性咽喉炎患者可能是由反流性胃食管炎引起的。
其他不典型症状
胸痛： 疼痛可放射到心前区、后背、肩部等部位，类似心绞痛，容易被误诊为冠心病，不过胸痛与反流有关，卧位、弯腰或腹压增高时容易发生，做心电图检查一般无心肌缺血改变。上腹部不适： 患者可能会有上腹部隐痛、胀满等不适感觉，容易被当作消化不良来对待。