涎腺囊肿主要是由于涎腺导管损伤或阻塞导致唾液潴留而形成的。比如，约80%的涎腺囊肿是因导管破裂，唾液漏入组织间隙引起的。
创伤因素导致
局部创伤： 口腔内受到外力撞击，像咬硬物、刷牙时过度用力等，都可能损伤涎腺导管。比如儿童在玩耍时不慎咬破口腔黏膜，波及涎腺导管，就有可能引发涎腺囊肿。一般这种因创伤导致的涎腺囊肿，多发生在有明确口腔创伤史后的一段时间内。医源性损伤： 口腔治疗过程中，比如拔牙、正畸等操作，如果不小心损伤了涎腺导管，也会引发涎腺囊肿。例如正畸治疗时，矫治器的不当操作可能损伤唾液腺导管，从而导致唾液潴留形成囊肿。
导管系统病变因素
导管狭窄： 涎腺导管本身发生狭窄，可能是由于炎症、先天性发育异常等原因。比如慢性涎腺炎反复发作，炎症刺激会使导管壁增厚，导致导管狭窄，唾液排出受阻，进而潴留形成囊肿。这种情况可能会反复发作，病程可持续数周甚至数月。导管结石： 涎腺导管内形成结石，会阻塞导管，使唾液无法正常排出，积聚在导管内，压力增大，最终导致导管扩张破裂，唾液外渗进入组织间隙形成囊肿。导管结石引起的涎腺囊肿，在X线检查时可能会发现导管内有结石阴影。
腺体分泌异常因素
分泌旺盛： 当涎腺分泌功能旺盛时，唾液量增多，如果导管有轻微阻塞，就更容易导致唾液潴留形成囊肿。比如在青春期，人体激素水平变化可能导致涎腺分泌增加，若此时导管稍有不通畅，就可能引发涎腺囊肿。一般青春期人群相对更容易出现因分泌旺盛导致的涎腺囊肿情况。个体差异： 不同个体的涎腺导管结构和功能存在差异，有些人的涎腺导管更容易发生阻塞或破裂，从而增加了涎腺囊肿的发病风险。比如某些遗传因素可能导致个体涎腺导管发育存在潜在缺陷，使得他们比其他人更易患上涎腺囊肿。