脑干出血主要是由高血压合并小动脉硬化引起的，约占脑出血的10%，其中高血压是最常见的病因。长期高血压会使脑内小动脉发生玻璃样变、纤维素样坏死，甚至形成微动脉瘤，当血压骤然升高时，微动脉瘤破裂就会导致脑干出血。
高血压因素：
高血压是引发脑干出血的重要危险因素。长期血压控制不佳，会使得脑血管承受过高的压力。据统计，有超过70%的脑干出血患者有高血压病史。高血压会破坏脑血管的正常结构和功能，使血管壁变得脆弱，容易破裂出血。
血管病变因素：
先天性脑血管畸形：
一些人天生存在脑血管畸形，比如动静脉畸形等。这些异常的血管结构本身就不稳定，容易发生破裂出血。虽然先天性脑血管畸形引发脑干出血的比例相对较低，但一旦发生，后果往往比较严重。
动脉瘤：
脑内动脉瘤也是导致脑干出血的原因之一。动脉瘤是局部血管壁向外膨出形成的囊状结构，其壁很薄，容易破裂。当动脉瘤破裂时，血液会流入脑干区域，引起脑干出血。
其他因素：
不良生活习惯：
长期大量吸烟、酗酒会增加脑干出血的风险。吸烟会损伤血管内皮细胞，使血管收缩、血脂升高，加速动脉硬化；酗酒会使血压升高，还会影响凝血功能。有研究发现，长期抽烟喝酒的人群脑干出血的发生率比正常人高出2 - 3倍。
剧烈运动或情绪激动：
剧烈运动时血压会急剧升高，情绪激动如暴怒、过度兴奋等也会使血压瞬间飙升，这些情况都可能导致原本脆弱的脑血管破裂，引发脑干出血。例如，一些人在进行剧烈体育活动或者与人激烈争吵后，就可能突发脑干出血。