扁桃体两边有肉疙瘩可能是扁桃体增生、扁桃体息肉或扁桃体囊肿等情况。如果是炎症引起的，一般先采取药物治疗等保守方式。比如因细菌感染导致的，可使用抗生素，像青霉素类抗生素，不过具体用药需遵医嘱。
一、观察随访情况
如果肉疙瘩较小，没有明显症状，比如不影响吞咽、呼吸等，且医生评估后认为是良性且无恶变倾向，可能会建议定期观察随访，一般每隔3 - 6个月复查一次喉镜等检查，观察肉疙瘩的变化情况。无症状小肉疙瘩： 当肉疙瘩很小，不引起任何不适，像没有咽痛、异物感等情况时，医生可能会建议先不急于处理，定期复查。变化监测： 在观察期间，要留意肉疙瘩是否有增大、颜色改变、出现新的症状等情况，如果有异常变化需及时就医。
二、药物治疗情况
如果肉疙瘩是因炎症刺激引起的，比如扁桃体炎导致的增生性肉疙瘩，可能会使用抗炎药物。如果是细菌感染，常用头孢类抗生素等。但药物使用需在医生指导下进行，不能自行随意用药。细菌感染用药： 若明确是细菌感染引发扁桃体两边出现肉疙瘩相关炎症表现，如红肿疼痛等，会根据病情选用合适的抗生素，像头孢克肟等，但要注意对头孢类药物过敏者禁用。病毒感染用药： 如果是病毒感染引起，一般以对症治疗为主，可使用一些清热解毒的中成药，如蓝芩口服液等，缓解咽部不适等症状，但也需在医生指导下使用。
三、手术治疗情况
如果肉疙瘩较大，影响吞咽、呼吸，或者怀疑有恶变可能等情况，可能需要手术治疗。手术方式有扁桃体切除术等。手术一般是在全身麻醉下进行，术后需要注意伤口护理等。较大肉疙瘩处理： 当肉疙瘩体积较大，已经严重影响到正常的吞咽功能，导致吞咽困难，或者影响呼吸，引起呼吸困难等情况时，多需要手术切除。术后注意： 手术后要注意口腔卫生，按照医生要求进食，一般术后前几天要吃流食等，并且要密切观察伤口有无出血、感染等情况。