扁桃体两边的肉疙瘩可能是扁桃体炎、扁桃体肥大、扁桃体肿瘤等引起的。具体治疗方法如下：
1.药物治疗：
扁桃体炎或扁桃体肥大：如果是由感染引起的，医生可能会开抗生素或消炎药来治疗感染。如果是过敏引起的，可能会开抗过敏药物。
其他情况：具体用药需根据实际情况而定。
2.手术治疗：
较大的肉疙瘩：如果肉疙瘩较大，影响呼吸或吞咽，或者是扁桃体肿瘤，可能需要手术切除扁桃体。
其他情况：手术治疗需要在医生评估后进行。
3.其他治疗方法：
激光治疗：适用于一些特定情况，如扁桃体肿瘤的治疗。
冷冻治疗：也可用于治疗扁桃体肿瘤等。
需要注意的是，以上治疗方法应根据具体病情由医生选择，患者应在医生的指导下进行治疗。此外，在治疗期间，患者应保持口腔清洁，避免食用辛辣、刺激性食物，多喝水，注意休息。如果症状加重或出现其他不适，应及时就医。对于儿童患者，治疗方法可能会有所不同，具体应根据年龄、病情等因素综合考虑。如果对治疗有任何疑问，应与医生充分沟通。